Het St. Ignatiusgymnasium werd door de paters jezuïeten gesticht in 1895.

De school kreeg in 1909 een uitbreiding met de ook aan de Herengracht gevestigde R.K. Hogere Burger School. In 1911 verhuisde het 'Ignatius College' naar de Pieter de Hooghstraat, hoek Hobbemakade in Amsterdam-Zuid. Toen waren er ook een H.B.S. en een Atheneum aan verbonden en herbergde de school 1500 leerlingen. Destijds waren nog bekende paters als Van Voorst tot Voorst, Lorié, Minderop, Zaat, Bernard Huijbers, Huub Oosterhuis en Jan van Kilsdonk aan de school verbonden.

Sinds 1979 zat het 'Ignatius-Gymnasium' in de Anthonie van Dijckstraat 1. Toen waren er ook een H.B.S. en een Atheneum aan verbonden en herbergde de school 1500 leerlingen. Destijds waren nog bekende paters als Van Voorst tot Voorst, Lorié, Minderop, Zaat, Bernard Huijbers, Huub Oosterhuis en Jan van Kilsdonk aan de school verbonden. Thans is het Montessorilyceum in het gebouw in de Pieter de Hooghstraat gevestigd.

De kleuren van de school waren traditioneel oranje-wit-zwart. Elke Ignatiaan had een sjaal in die kleuren.

Het Ignatius had zijn eigen sportclubs, zoals RKAVIC (voetbal), RIC (roeien), HIC (hockeyen), TATIC (Tafeltennis) e.d. Het Ignatius heeft een schoolkrant genaamd, De Harpoen. Die wordt gemaakt door een redactie bestaande uit een aantal kinderen en één leraar. De Harpoen komt gemiddeld 2 keer per jaar uit, en is ook online te bezichtigen.

In 2000 verhuisde de school opnieuw, nu naar een pand aan de Jan van Eijckstraat. Ook dit pand bleek te klein. In 2004 werd daarom een dependance geopend aan de Speerstraat, waar aan ongeveer 10 klassen tegelijk les kan worden gegeven.

Momenteel is de school druk in de weer met de uitbreiding van het pand aan de Jan van Eijckstraat, er komt namelijk een hele nieuwe vleugel aan het gebouw vast (met o.a. een ondergrondse gymzaal).

(Oud)-leerlingen van het Ignatius worden van oudsher (oud) Ignatiaan genoemd.